我想使用一个循环来检查基因本体中的基因。我这样做效果很好:
allgos <- geneIdUniverse(hgOverBP)$"GO:1990441" print(allgos)
然而,我不知道如何使其变为“GO:1990441”,因为我使用变量GOBPIDname在数据帧中循环。
allgos <- geneIdUniverse(hgOverBP)$GOBPIDname
部分代码(我不能共享整个下游流程,但这是第一行)。第一行和循环工作正常,它返回:[1]“GO:1990441”
`for(行名称中的GOCCID(GOlineBP)){GOBPIDname<;-toString(GOlineBP[GOCCID,])
allgos<;-geneIdUniverse(hgOverBP)$GOBPIDnameprint(allgos)}`
当我跑步时:
allgos <- geneIdUniverse(hgOverBP)$'GO:1990441' print(allgos)
我得到了预期的答案
[1] "3725" "4690" "7009" "8440"
我尝试过的事情及其结果:
-
allgos <- geneIdUniverse(hgOverBP)$GOBPIDname
空
2.allgos <- geneIdUniverse(hgOverBP)$readChar(GOBPIDname,nchars=12)
错误:尝试应用非函数
allgos <- geneIdUniverse(hgOverBP)%in%GOBPIDname
[1]错误。。。[993]错误allgos <- geneIdUniverse(hgOverBP)$paste(GOBPIDname)
错误:尝试应用非函数
5.allgos <- geneIdUniverse(hgOverBP)%in%paste(GOBPIDname)
[1]错误。。。[993]错误
6.allgos <- geneIdUniverse(hgOverBP)%in%toString(GOlinesBP[GOCCID,])
allgos <- geneIdUniverse(hgOverBP)%in%paste0("'",toString(GOlinesBP[GOCCID,]),"'")