花了很久时间，终于搞定了IIS6和Tomcat的整合。现在把步骤贴出来给各位一点参考，也免去了新手在Google上暴走和一次次的调试。开始吧！
首先先说明我的系统，Windows 2003 Server中文版 IIS6 Tomcat5.0.14，JDK 1.4.2安装目录为C:\JDK,Tomcat安装目录为C:\Tomcat,环境变量JAVA_HOME和TOMCAT_HOME都已设置好并指向其各自的安装目录。(注意，接下来所有文件中涉及到tomcat路径的请自行修改为自己的Tomcat路径)
Tomcat5和IIS6的安装我就不说了，网上的文档很多，假定此时我们已经安装好了Tomcat5和IIS6并都能独立运行，两者的默认网站均指向C:\web目录。
现在我们要做的是到http://apache.linuxforum.net/dist/jakarta/tomcat-connectors/jk2/binaries/win32/jakarta-tomcat-connectors-jk2.0.2-win32-IIS.zip 去下载JK2,由JK2负责IIS和Tomcat的通讯，解开后得到isapi_redirector2.dll，我把它放在了C:\tomcat\iis下（目录随便）。
接下来在Tomcat安装目录下的conf目录下建一个workers2.properties文件，把下面这段东东拷进去保存。注意file=".."之中的路径要用"/"哦！
[shm]
file=c:/Tomcat/logs/jk2.log
size=1048576
# 实际运用时把所有的localhost和8009换成你自己的IP和端口
[channel.socket:localhost:8009]
port=8009
host=localhost
# define the worker
[ajp13:localhost:8009]
channel=channel.socket:localhost:8009
# Uri mapping
[uri:/*.jsp]
[uri:/web/*]
worker=ajp13:localhost:8009
# define the worker
[status:status]
# Uri mapping
[uri:/jkstatus/*]
worker=status:status
之后编辑jk2.properties文件，确认其中是否有此一句：
request.tomcatAuthentication=false
接下来开始编辑注册表，直接建一个iis.reg文件，把下面一段拷进去保存然后双击iis.reg把信息导入注册表。(注意，把涉及的Tomcat路径改成你的Tomcat的路径)
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Apache Software Foundation\Jakarta Isapi Redirector\2.0]
"serverRoot"="c:\\Tomcat"
"extensionUri"="/jakarta/isapi_redirector2.dll"
"workersFile"="c:\\Tomcat\\conf\\workers2.properties"
"logLevel"="INFO"
然后打开“我的电脑－>控制面板－>管理工具－>Internet信息服务管理器”，在里面选择“网站”中的默认网站（默认网站我假定指向C:\web），在其上点右键选“属性”，在弹出的页框里选择“ISAPI筛选器”，点“添加”，筛选器名称填jakarta,可执行文件中填入你的isapi_redirector2.dll的绝对路径。“确定”后点“确定”关闭属性页。再在“默认网站”上右键，选择“新建”－>“虚拟目录”，别名填jakarta，下一步，路径选为你的isapi_redirector2.dll存放的目录，我的是C:\tomcat\iis，下一步，权限中记得把“执行”那项打勾，好了，完成。
如果你用的是IIS5的话，到这里就可以结束了，但IIS6还没完，继续。
在“Internet信息服务管理器”的“网站”中的“Web服务扩展”上点右键选择“添加一个新的Web服务扩展”，弹出的框中扩展名填Tomcat(其实无所谓的)，“要求的文件”选“添加”然后找到你的isapi_redirector2.dll后“确定”。“设置扩展状态为允许”也打上勾，确定。
好了，配置完了。现在我们启动Tomcat5，然后net start w3svc启动IIS6。键入http://localhost:8080/hello.jsp(这个文件是我放在c:\web下的)看看！然后在看看http://localhost/hello.jsp，如果两者执行结果一样，恭喜你，整合成功了！
但或许此时还不行，这时你该确认以下几点：
1.你的“Internet信息服务管理器”->“网站”->“默认网站”->“属性”->“ISAPI筛选器”中的jakarta是否是向上的绿色箭头？如果是红色的，检查一下你之前做的配置有没有少了或是写错了点什么，再重新配置一遍
2.确认你的Tomcat安装目录下的common\lib目录中是否有tools.jar文件（Tomcat5好像是有的，但Tomcat4中是没有的，网上的文档很少提到这件事，致使我多次配置失败），没有的话从JDK的lib下拷一个过去。
3.IIS指向的目录最好和Tomcat指向的目录一致，不然会发生找不到图像和其他资源文件的问题。(这点不影响执行，呵呵!)
4.英文文档中还提到应该把IIS6设置为IIS5隔离模式，“Internet信息服务管理器”->“网站”->“属性”->“服务”，把“以IIS5.0隔离模式运行WWW服务”打上勾。不过我不打勾也能正常使用，如果你配置不成功也可以试试这个。
还不行？好，我们来狠的，打开机箱，取出硬盘，扔到地上给我踩，踩，踩！看你还敢跟我顶^_^（开个玩笑，不过之前我配置多次失败后确实有些无奈和懊恼）
此文实际也等于是转载，我只是负责输入而已，如有错误请指出！欢迎各位与我交流，ymer@21cn.com，JSP程序员，EJB学习中......
参考网址:https://www.rit.edu/~ack5504/tomcat-iis6-howto/tomcat-iis6-howto.html
http://www.knowsky.com/3181.html