1.签名的意义
为了保证每个应用程序开发商合法ID，防止部分开放商可能通过使用相同的Package Name来混淆替换已经安装的程序，我们需要对我们发布的APK文件进行唯一签名，保证我们每次发布的版本的一致性(如自动更新不会因为版本不一致而无法安装)。
2.签名的步骤
a.创建key
b.使用步骤a中产生的key对apk签名
3.具体操作
方法一：命令行下对apk签名（原理）
创建key，需要用到keytool.exe (位于jdk1.6.0_24\jre\bin目录下)，使用产生的key对apk签名用到的是jarsigner.exe (位于jdk1.6.0_24\bin目录下)，把上两个软件所在的目录添加到环境变量path后，打开cmd输入
D:\>keytool -genkey -alias demo.keystore -keyalg RSA -validity 40000 -keystore demo.keystore
/*说明：-genkey 产生密钥
-alias demo.keystore 别名 demo.keystore
-keyalg RSA 使用RSA算法对签名加密
-validity 40000 有效期限4000天
-keystore demo.keystore */
D:\>jarsigner -verbose -keystore demo.keystore -signedjar demo_signed.apk demo.apk demo.keystore
/*说明：-verbose 输出签名的详细信息
-keystore demo.keystore 密钥库位置
-signedjar demor_signed.apk demo.apk demo.keystore 正式签名，三个参数中依次为签名后产生的文件demo_signed，要签名的文件demo.apk和密钥库demo.keystore.*/
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注意事项：android工程的bin目录下的demo.apk默认是已经使用debug用户签名的，所以不能使用上述步骤对此文件再次签名。正确步骤应该是:在工程点击右键->Anroid Tools-Export Unsigned Application Package导出的apk采用上述步骤签名。
方法二：使用Eclipse导出带签名的apk
Eclipse直接能导出带签名的最终apk，非常方便，推荐使用，步骤如下：
第一步：导出。
第二步：创建密钥库keystore,输入密钥库导出位置和密码，记住密码，下次Use existing keystore会用到。
第三步：填写密钥库信息，填写一些apk文件的密码，使用期限和组织单位的信息。
第四步：生成带签名的apk文件，到此就结束了。
第五步：如果下次发布版本的时候，使用前面生成的keystore再签名。
第六步：Next,Next,结束！
方法三：使用IntelliJ IDEA导出带签名的apk
方法步骤基本和Eclipse相同，大概操作路径是：菜单Tools->Andrdoid->Export signed apk。
4.签名之后，用zipalign(压缩对齐)优化你的APK文件。
未签名的apk不能使用，也不能优化。签名之后的apk谷歌推荐使用zipalign.exe(位于android-sdk-windows\tools目录下)工具对其优化：
如上，zipalign能够使apk文件中未压缩的数据在4个字节边界上对齐（4个字节是一个性能很好的值），这样android系统就可以使用mmap()(请自行查阅这个函数的用途)函数读取文件，可以在读取资源上获得较高的性能，
PS:1.在4个字节边界上对齐的意思就是，一般来说，是指编译器吧4个字节作为一个单位来进行读取的结果，这样的话，cpu能够对变量进行高效、快速的访问（较之前不对齐）。
2.对齐的根源：android系统中的Davlik虚拟机使用自己专有的格式DEX，DEX的结构是紧凑的，为了让运行时的性能更好，可以进一步用"对齐"进一步优化，但是大小一般会有所增加。
5.签名对你的App的影响。
你不可能只做一个APP，你可能有一个宏伟的战略工程，想要在生活，服务，游戏，系统各个领域都想插足的话，你不可能只做一个APP，谷歌建议你把你所有的APP都使用同一个签名证书。
使用你自己的同一个签名证书，就没有人能够覆盖你的应用程序，即使包名相同，所以影响有：
1) App升级。使用相同签名的升级软件可以正常覆盖老版本的软件，否则系统比较发现新版本的签名证书和老版本的签名证书不一致，不会允许新版本安装成功的。
2) App模块化。android系统允许具有相同的App运行在同一个进程中，如果运行在同一个进程中，则他们相当于同一个App，但是你可以单独对他们升级更新，这是一种App级别的模块化思路。
3) 允许代码和数据共享。android中提供了一个基于签名的Permission标签。通过允许的设置，我们可以实现对不同App之间的访问和共享，如下：
其中protectionLevel标签有4种值：normal(缺省值),dangerous,signature,signatureOrSystem。简单来说，normal是低风险的，所有的App不能访问和共享此App。dangerous是高风险的，所有的App都能访问和共享此App。signature是指具有相同签名的App可以访问和共享此App。signatureOrSystem是指系统image中App和具有相同签名的App可以访问和共享此App，谷歌建议不要使用这个选项，因为签名就足够了，一般这个许可会被用在在一个image中需要共享一些特定的功能的情况下。
最后，请一定要记得保管好你的签名证书的两个密码，两个密码都不要告诉任何人，也不要把你的密钥库拷贝给别人，包括我！
原文链接：http://www.cnblogs.com/qianxudetianxia/archive/2011/04/09/2010468.html